La ermita de La Magdalena ocupó al parecer el solar anexo al convento de San Francisco hasta su derribo y fueron sus benefactores los Escalante y los Puebla. Pudo ser la primitiva iglesia de la Orden Franciscana en la villa.
La inscripción se transmite por copia literaria en las actas del notario Francisco Ignacio de Rubayo en 1735 con motivo del derribo de la ermita para ensanchar el convento.
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